Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Siak awalnya bernama Madrasah Tsanawiyah Swasta Nurul Hidayah yang berdiri pada 24 April 1994 dari Yayasan GUPPI Sungai Apit Kabupaten Siak. Diantara pendiri awal adalah bapak Drs. Sahri sebagai Kepala Madrasah pertama MTs Nurul Hidayah.
Peralihan Swasta menjadi Penegrian yaitu pada tahun 2018 dan mulai bisa berjalan pembelajaran smester pertama penegrian yaitu pada bulan Juli 2019 dengan kepala madrasah adalah ibu Ana Rolita, S.Pd.
Pada awal penegrian dengan jumlah siswa hanya 200 orang dan 8 rombel, kini pada tahun 2026 sudah ada hampir 300 siswa dengan jumlah 9 rombel pada MTs Negeri 3 Siak yang ada di Bungaraya dan MTs Negeri 3 Siak kampus 2 Tualang yang ada di Perawang.
Pembelajaran yang sudah full day, kegiatan sudah dimulai dari jam 7 pagi dengan sholat Dhuha. Dilanjutkan dengan pembelajaran di kelas, istirahat, makan MBG, sholat Dzuhur berjamaah, pembelajaran di kelas kembali, sholat Ashar berjamaan di mushola madrasah, dan terakhir pulang.